Могут ли организацию привлечь к ответственности, если НДС не был восстановлен своевременно?

Добрый день, коллеги.
Организация на ОСНО
В 4 квартале 2012 года получили субсидию из федерального бюджета, на возмещения затрат по договору лизинга из расчета 2/3 от авансового платежа без учета НДС. Своевременно НДС не был восстановлен (то есть в отчетный период получения субсидии), как и не был восстановлен в последующих периодах. Соответственно налоговая прислала письмо от 30.12.16г.  о пояснениях по вычетам и восстановлению в рамах камеральной проверки. Соглашусь с мнением, что восстановить налог  следовало бы, но не случилось. 
Вопрос: могут ли нас привлечь к ответственности, если если по срокам  3 года уже прошли? Подавать ли уточненку? Платить ли пеню?